１９２７年８月，刘文典受安徽省政府之聘，到安徽省首府安庆筹办安徽大学。安徽大学开始招生后，他任法学院院长兼预科主任，行校长之职。

　　第二年，学校发生学生风潮。此时，蒋介石以国民政府首脑的身份来到安庆，召见刘文典。见面时，刘称蒋为“先生”而不称“主席”，引起蒋的不满。蒋要刘交出在学生风潮中闹事的共产党员名单，并严惩罢课学生。刘当面顶了回去，说：“我不知道谁是共产党。你是总司令，就应该带好你的兵。我是大学校长，学校的事由我来管。”说到激烈处，两人互相拍桌大骂，一个骂“你是学阀”，一个骂“你是新军阀”。蒋介石恼羞成怒，当场打了刘文典两记耳光，并给他定了个“治学不严”的罪名，把他关进了监狱。

　　此事在全国的教育界、学术界引起了极大震动。安庆的学生举行示威游行，要求“保障人权”、“释放刘文典”。后来，由于国民党元老蔡元培等说情、力保，陈立夫又从中斡旋，蒋才以“即日离皖”为条件，释放了刘文典。

　　他的老师章太炎听说此事后，在病中特意作对联相赠：

　　养生未羡嵇中散，

　　疾恶真推弥正平。

　　章太炎把他比作敢于顶撞权贵的“祢衡”，对他的气节甚为赞赏。

　　看佛经挨打

　　刘文典在清华大学任教时，需要查阅某种佛经。他听说北京西山香山寺藏有此佛经，就前去阅看。

　　该寺有严格规定，非佛教人士，不准借阅藏书。允许借阅者必须在寺内念经堂正襟危坐，也不得以手指沾口水翻书页，必须用寺院特制的篾子翻阅，违者受罚。该寺管理藏书的老和尚与刘文典略有认识，知道他是著名学者，特准他借阅，佛堂内也不派僧人专门看守。阅前，老和尚向他详细介绍了阅读规则，他当即承诺，严守规约。

　　老和尚去后，刘文典静坐读经。看了一会儿，他因路途劳顿，有些疲倦，见室内有一空床，便趁机持书卧床阅读。不料，他看着看着，就睡着了。

　　不知过了多久，正在睡梦中的他忽然听到骂声，头面受到扑打。他睁眼一看，老和尚边打边斥责说：“你言而无信，竟把佛经丢在地上！”原来，他睡着之后，手一松，身子一歪，手中的佛经也就随之掉落。老和尚本来想与他谈论佛学，进来一看这情景，顿时火冒三丈，拿起扫帚就打过来。

　　此举有如当头棒喝，刘文典顿时清醒。他一面苦苦求饶，一面在佛堂内抱头鼠窜。老和尚见他甘心挨打，并没有教授架子，怒容一变，“扑哧”一声笑了。不打不成交，刘文典和老和尚成了好朋友。老和尚到清华大学拜访，他还专门设素斋招待。