民国26年(1937年)11月30日，沿太湖南岸西进的日军，侵入安徽。日军第6、第18师团分别占领了郎溪、广德、当涂、芜湖；民国27年1月，日军第11、第13、第102、第107师团，从南京北侵，占领了皖北，民国27年6月，日本海军第3舰队20余艘兵舰及陆军2000余人，进驻了安庆。至1938年底，安徽全省有40多个县市被日军占领。被占领面积占全省总面积的52%，耕地占61.6%，人口占54.2%。日本侵略者为便于他们的统治，从1938年7月开始实行“以华制华”、“以战养战”的策略，对沦陷区实施傀儡统治。
　　民国27年7月，一群汉奸在日本侵略者操纵下，开始策划筹建日伪安徽省级政权。梁鸿志南京伪中华民国维新政府，于同年7月12日任命倪道为安徽省维新政府省长，并于同年7月18日在蚌埠宣告安徽省维新政府正式成立，省会驻蚌埠。省维新政府不设秘书处、政务厅、财政厅、建设厅、教育厅、警务处。同年10月28日，以倪道为首的安徽省维新政府全体官员宣誓就职。这时，将政务厅改称民政厅。安徽省维新政府时期先后设立了凤阳、怀远、宿县、滁县、五河、合肥、盱眙、芜湖、当涂、嘉山、定远、亳县、灵璧、泗县、怀宁、巢县、含山、凤台等县政权。县公署设维持会长(或自治会长或知事)1人，下设一、二、三、四科，分管民政、财政、教育和建设。芜湖、安庆、合肥、滁县设立警察局，其他县设立警察所。
　　民国29年汪精卫接管南京伪中华民国国民政府。于9月19日召集南京中华民国国民政府中央政治会议第21次会议，决定改组安徽省维新政府。同年10月10日，将安徽省维新政府改称安徽省政府。同时，将省长制改为省主席制，倪道任省主席，并设置省政府委员会，委员规定9～11人。第一届省政府委员由倪道、叶震东、陶思澄、邓赞卿、钱慰宗、傅君实、徐仲仁、张拱宸、胡志宁等9人组成。这时的省政府所辖县有：芜湖、繁昌、怀宁、贵池、铜陵、东流、合肥、巢县、怀远、凤阳、灵璧、滁县、泗县、嘉山、宿县、天长、寿县、来安、全椒、和县、凤台、五河、定远、当涂县等。
　　民国30年12月19日，伪中央国民政府派高冠吾为安徽省主席，同时改组省政府，委托高冠吾、王震生、谢泽同、钱慰宗、马骥材、刘祖望、徐仲仁、胡志宁、陈以益、邓赞卿、魏曙东等11人为省府委员。省府除原设立秘书长、民财建设四厅、警务处和省社会运动指导委员会外，另增设省粮食管理局。
　　民国31年6月8日，成立伪安徽省保安司令部，高冠吾任保安司令。同年4月1日和2日，设置大通，下塘和田家庵3个特区。
　　民国32年1月15日，又将主席制改为省长制。2月1日，省主席高冠吾改任省长。同年12月29日，免去高冠吾省长职。12月31日，伪最高国防会议令罗君强接替安徽省省长职务。这时，省政府又根据民国32年2月28日省政府组织法规定，撤销秘书处、民政厅，改设政务厅、财政厅、教育厅、建设厅、警务处、省社会福利指导委员会、省粮食局，还增设了省保安处、清乡事务局和经济局等组织机构。伪最高国防会议于民国33年1月19日又任命罗君强兼任安徽省保安司令部司令。
　　民国33年1月，伪省府决定全省沦陷区划为8个行政督察区，机关称督察专员公署，共辖32县。民国33年12月27日，伪最高国防会议任命林柏生为安徽省省长，再次改组省政府。由于此时日本帝国主义在中国的侵略势力接近复灭，故省府下属机构变化不大，但人事更迭非常频繁。
　　民国34年8月15日，日本投降，抗战胜利，日伪安徽政权瓦解。
　　另外，民国33年1月，汪伪南京国民政府成立汪伪淮海省政府，郝鹏举任省长，省府设在徐州、管辖苏皖边区22个县。其中安徽境内的有亳县、宿县、肖县、泗县、灵璧、砀山县等。