第一阶段是南宋至明初，此为朱子之学一统的时期。南宋理学，有朱熹学说与陆九渊“心学”之分。自朱熹二度回徽州扫墓并讲学，徽州从其学者甚众。南宋徽州学术文化的代表人物多为朱熹及门、再传或私淑弟子，他们著书立说，讲学授徒，致力于传播朱子之学，徽州形成了朱子之学一统的局面。类如吴昶“终身守其师说，造诣愈深”、^[8]吴垕于朱熹学说“笃好不移”、^[9] 黄智孙“固守紫阳之传而不失”^[10] 等情形，在当时徽州学者中是普遍现象。入元之后，朱子之学发展出现二大趋向：一是因为朱子之学被定为科举程式，所以士人大多将它视为获取功名的敲门砖。他们死抱一字一义的说教，以注疏集注为学问之大端，而其中真正学有心得者，则寥寥无几。二是朱学的传人，基于各自的认识、经历等，各持一端，以至“异论”纷出，乱朱子之学本旨。其时朱门状况诚如程敏政（篁墩）所称：“再传能不失真者，则已寡矣。”^[11] 针对这种情况，号为朱门嫡传的徽州学者坚持维护朱子之学的纯洁性，将排斥“异论”、发明朱子之学本旨作为学术研究的重心。徽州学者中类似倪士毅“非仁义道德之说尝论定于郡先师子朱子者，不以教人”^[12] 的情况，极为普遍。元代徽州学者学术活动的结果是延续了徽州学术文化由朱子之学一统的状态。明初徽州学术文化依然是朱子之学居绝对主流地位。其时徽州学术文化的主要代表人物，都是朱子之学的传承者。即便是郑玉、赵汸等“和会朱陆”者，其学术基本倾向仍在朱子之学。综上考察，笔者将南宋至明初合为一个阶段，以朱子之学一统为其阶段性特征。

第二阶段是明代中后期，此为朱子之学与心学杂存的时期。明代中叶，王阳明“心学”崛起，“门徒遍天下，流传逾百年”，予明代传统学术文化之发展以深刻影响。徽州在此前素以朱子之学重镇著称，而在“心学”传入后，其学术文化亦为之色变。传入徽州的心学主要是二支，一为湛若水之学，一为王阳明之学。其时徽州学者就其大者可归为三个类型：一是以程曈为代表的极力抵排心学而抱守朱子之学者，同道中人歙县有洪德常（字常伯）、江恒（字于常）等，休宁有范涞（字原易）、吴汝遴（字慎先）等，黟县有孙济聘（字希尹）、汪鼎（字绍实）等，祁门有王讽（字大中），婺源有游震得（字汝潜）、汪应蛟（字潜夫）、余懋衡（字持国）等。二是以程敏政为代表的“和会朱陆”者，倡导朱熹与陆九渊之学“始异而终同”。三是以方瓘、潘士藻等为代表的入心学阵营者，同流者歙县有汪道昆（字伯玉）、汪尚宁（字廷德）等，休宁有程默（字子木）、毕翰（字伯羽）等，黟县有李希士（字圣始）、韩懋德（字鸣起）等，祁门有谢复（字一阳）、谢芊（字时春）等，婺源有洪垣（字竣之）、余基（字士履）等。三类学者各宗其学，徽州学术文化呈现朱子之学与心学杂存的特色。当然，按照笔者评估，此期朱子之学仍是徽州学术文化的基本色调，而心学并未能使其完全变色。

第三阶段是清初，此为朱子之学复兴时期。明亡之后，学界在清算心学末流祸国殃民之“罪”时，出现了全面回归朱子之学的潮流。此期徽州书院“尽去旧习，化为尊孔宗朱坛席”^[13] ，徽州学术文化代表人物多“宗尚程朱”。^[14] 如杨泗祥、施璜等人制订了《紫阳讲堂会约》，强调“崇正学”，规定“务经明行修，宗尚周程张朱之学”，凡“侈谈二氏家言，为三教归一之说，及阳儒阴佛者，不得入会”，^[15] 将矛头直指心学。赵继序（字芝生）“一以朱子为宗”，陈二典（字书始）“以程朱为的”^[16]等，他们代表了当时徽州学者的主要学术倾向，也反映了清初徽州学术文化的基本特色。

第四阶段是清乾（隆）、嘉（庆）、道（光）三朝，此为朴学独盛时期。徽州朴学由歙县黄生和婺源江永开端，前者被誉为“能肩随亭林（顾炎武）而为有清一代朴学之先登者”，^[17] 所著《字诂义府》等书“于六书多所阐发，每字皆见新义，而根据博奥，与穿凿者有殊”；^[18] 后者“邃于经学，究心古义，穿穴于典籍者深”，^[19] 在训诂学方面的成就被推为自汉经师康成后“罕其俦匹”。^[20] 乾隆年间，戴震之出现，最终奠定了徽派朴学的基础。作为乾嘉考据学派的二大流派之一，徽派朴学在治学上有其自身的特点。与惠栋为首的吴派“信家法而尚古训”不同，徽派在治学上富有创造性，不拘泥于一家之言。戴震曾说：“汉儒训诂有师承，有时亦傅会。”^[21] 他主张从事考据必须有“不以人蔽己，不以己自蔽”的求实精神和严谨态度，具体的考据方法应当是“由声音文字以求训诂，由训诂以寻义理，实事求是，不偏主一家”。戴震的这一主张，是徽派朴学治经的指导思想。其后徽州学者大多循此方法治学，尤其是出于戴氏门下的徽籍弟子如金榜、洪榜、凌廷堪等，深得戴氏之学神韵，徽州学术文化出现朴学独盛的局面。